Bioinformatique Concepts, méthodes et applications Coll. Sciences Sup

La bioinformatique est un domaine majeur des sciences biologiques et médicales dont l'objectif est de concevoir et d'utiliser des méthodes computationnelles afin de traiter de grands ensembles de données biologiques pour produire de nouvelles connaissances.

Cet ouvrage vise à présenter les outils et les méthodes bioinformatiques nécessaires pour traiter des principaux sujets en biologie et en médecine impliquant des séquences biologiques, des structures macromoléculaires et des réseaux. Les six chapitres de ce livre comprennent ainsi l’ensemble des notions nécessaires à tout étudiant, ingénieur, chercheur, clinicien s'intéressant à la bioinformatique, avec des sections qui exposent des problématiques telles que l'alignement de séquences, l'annotation de génome ou la prédiction de structures.

Chaque chapitre du livre est organisé selon une structure progressive facilitant l'apprentissage graduel du lecteur. Une section débute ainsi par une introduction du sujet et une première illustration issue de la littérature scientifique permettant la mise en perspective du problème étudié, puis par la présentation d'applications pratiques reposant sur des outils facilement accessibles par internet et se conclut enfin par l'exposé de bases théoriques.

Introduction à la bioinformatique : Le concept d'information et de flux d'information en biologie : le dogme de la biologie moléculaire en bioinformatique. La bioinformatique au cœur de la révolution des méthodes expérimentales à haut débit. Les différents domaines d'étude de la bio-informatique
Organiser, gérer et distribuer les données en biologie : Banques et système d'information : L'ère du big data en biologie. Les formats de données biologiques : séquences, structures, fonction, réseaux, fonctions. Les principales banques de données biologiques
Les méthodes de la bioinformatique pour les séquences : Comparaison de séquences. Classification de séquences.
Les méthodes de la bioinformatique pour l'étude des génomes : Introduction à la génomique. L'assemblage de génomes : assemblage de novo et Assemblage avec référence. L'annotation structurale de génome : annotation par homologie et de novo. L'annotation fonctionnelle de génome : annotation par homologie et par analyse des proximités. La comparaison de génomes. Applications de l'analyse des génomes. Analyse de l'expression des gènes
Les méthodes de la bioinformatique pour l'étude des structures des macromolécules biologiques : La bioinformatique structurale : Comparaison de structures. Analyse des structures. Prédictions et modélisation structurales.
Les méthodes de la bioinformatique pour l'étude des réseaux en biologie : Bioinformatique systémique : Introduction à la biologie systémique : concepts et bases théoriques. Inférence et Modélisation statique de réseaux biologiques. Modélisation dynamique de réseaux biologiques