Bioinformatique avec Python et Biopython Coll. Sciences Sup

Langue : Français

Auteurs : Jaspard Emmanuel, Hunault Gilles

Couverture de l’ouvrage Bioinformatique avec Python et Biopython

Résumé
Sommaire
Biographie

La bioinformatique est une discipline essentielle de la biologie. L’objectif de cet ouvrage est de montrer par l’exemple des scripts Python et Biopython et d’établir un lien avec le concept biologique afférent, afin que le lecteur puisse développer ses propres scripts ou adapter ceux existants.
Le langage Python, par sa simplicité d’apprentissage, est particulièrement utilisé pour développer des applications. Biopython est un ensemble de scripts et d’outils, librement disponibles, permettant de développer des bibliothèques et des applications Python pour les besoins des travaux en bioinformatique.

Dénombrement des nucléotides et calculs associés.
Écriture de séquences d’acides nucléiques.
Séquences et expressions régulières.
Recherches bibliographiques dans PubMed.
Profil PFAM d’une famille de protéines.
Profil d’hydrophobicité d’une protéine – fenêtre de taille variable.
Position de cystéines impliquées dans un pont disulfure.
Calcul du barycentre d’une chaîne polypeptidique repliée.
Diagrammes de Ramachandran.
Contacts entre résidus d’acides aminés dans les structures 3D.
Superposition de structures protéiques.
Les protéines ou régions intrinsèquement désordonnées.
Alignements avec BLAST de séquences et protéines homologues.

Emmanuel Jaspard est enseignant-chercheur au département de Biologie - UFR Sciences, Université d’Angers
Gilles Hunault est un ancien maître de conférences en mathématiques appliquées de l'université d'Angers.